По одной и той же операции можно создать несколько проводок на разные суммы. Для этого в новой строке ввести новую настройку по той же операции, но с другими атрибутами. Тогда по документу с этой операцией будет создано две проводки.
Если Вы настраиваете типовые проводки задним числом, а проводки по документам уже сделаны, то после создания новых типовых проводок необходимо пересоздать проводки. Для этого в соответствующих формах ("Учет материалов", "Касса", "Учет кадров" и т.д.) надо выбрать все документы за период, когда нужно пересоздать проводки, и запустить сервис "Пересоздать проводки". Старые проводки по этим документам будут удалены и создадутся новые проводки уже по новым правилам.