В ИС "Сфера" предусмотрена возможность ведения бухгалтерских учетов в компании, как внутреннего, так и налогового. Основывается на бухгалтерских проводках. Аппарат бухгалтерского учета позволяет учитывать все второстепенные хозяйственные операции (после учета производства, материалов и финансов). На основе данных внутреннего бухгалтерского учета формируется баланс компании, на основе данных налогового учета формируются необходимые отчеты в налоговую инспекцию.